De afgestudeerden komen vaak terecht in de chemische industrie en de agro-industrie, die biologische producten verwerken of die stoffen produceren die van toepassing zijn in de chemische en agro-industriële sector.
Voorbeeldsectoren zijn: de bulk- en fijnchemie, de industriële biotechnologie, de agrochemie, de fytofarmaceutische nijverheid en aanverwante sectoren.
Daarnaast zorgt de combinatie van biologie en technologie in de opleiding ervoor dat de master zeker ook in de biomedische en farmaceutische sector aan de slag kan.
De bio-ingenieur kan er mee het beleid bepalen en hij/zij wordt belast met het ontwerpen en optimaliseren van efficiënte en/of milieuvriendelijke productieprocessen en technologieën.
De productontwikkeling, productlancering en het kwaliteitsbeheer maken ook vaak deel uit van het takenpakket van een succesvolle bio-ingenieur.