Als waterklerk ben je de verbinding tussen schip en kaai.
De waterklerk werkt bij een scheepsagentuur die de rederij moet vertegenwoordigen.
Op basis van het vaarschema en de communicatie met de kapitein weet je wanneer een schip precies in een haven toekomt. 
Via voorafgaandelijke communicatie met de kapitein, moet je tal van taken voorbereiden.
Je regelt de inscheping van eventuele passagiers en/of bemanningsleden, de reisdocumenten en/of doorlaatbewijzen, de reservatie van hotels, het transport bij bemanningswissels.
Hiervoor ben jij verantwoordelijk. 
Je moet er bijvoorbeeld op toezien dat de scheepsdocumenten in orde zijn, dat tijdig de juiste loodsen op het schip toekomen, dat de ploegen voor het laden en het lossen tijdig klaarstaan, op vraag van de kapitein voorzien in bevoorrading (je zorgt voor voldoende voedsel en drinkwater aan boord), ophalen van afvalolie, opslaan van bunkermateriaal, eventueel technisch nazicht of herstellen van schade aan het schip,  je verzamelt informatie over de scheepspositie, ligplaatsen en sleepboten, 

De ‘hoofdwaterklerk’ coördineert en leidt alle administratieve en operationele activiteiten van de waterklerken. Het doel is immers een optimale dienstverlening aan de klanten.
De ’hoofdwaterklerk’ organiseert en verdeelt het werk in functie van de prioriteiten, controleert onkostennota’s en verliest de rentabiliteit van de behandelde dossiers nooit uit het oog.